水器的工作過程，一般由下列幾個步驟循環組成：反洗、吸鹽（再生）、慢沖洗（置換）、快沖洗五個過程。不同軟化水設備的所有工序非常接近，只是由于實際工藝的不同或控制的需要，可能會有一些附加的流程。任何以鈉離子交換為基礎的軟化水設備都是在這五個流程的基礎上發展來。自動軟化器運行程序：
A.運行(工作)
原水在一定的壓力(0.2-0.6Mpa)、流量下，通過控制器閥腔，進入裝有離子交換樹脂的容器(樹脂罐)，樹脂中所含的Na+與水中的陽離子(Ca2+，Mg2+，Fe2+……等)進行交換，使容器出水的Ca2+，Mg2+離子含量達到既定的要求，實現了硬水的軟化。
B.反洗
樹脂失效后，在進行再生之前，先用水自下而上的進行反洗。反洗的目的有兩個，一是通過反洗，使運行中壓緊的樹脂層松動，有利于樹脂顆粒與再生液充分接觸;一是使樹脂表面積累的懸浮物及碎樹脂隨反洗水排出，從而使交換器的水流阻力不會越來越大。
C.再生吸鹽
再生用鹽液在一定濃度、流量下，流經失效的樹脂層，使其恢復原有的交換能力。
D.置換(慢速清洗)
在再生液進完后，交換器內尚有未參與再生交換的鹽液，采用小于或等于再生液流速的清水進行清洗(慢速清洗)，以充分利用鹽液的再生作用并減輕正洗的負荷。
E.正洗(快速清洗)
目的是清除樹脂層中殘留的再生廢液，通常以正常流速清洗至出水合格為止。
F.再生劑箱注水
向再生劑箱中注入溶液再生一次所需鹽量的水。
軟化水設備主要的工作原理就是利用陰陽離子軟化。讓原水通過陰陽離子轉化器，除去水中的，鈣，鎂，鈉等離子。出來的水就只是水分子了。沒有其他的分子，那么就可以有效的防止水垢。
在進水為深井水或者水源硬度很大的情況下，使用軟化水設備的作用是去除水中的鈣、鎂離子含量，使水中鈣鎂離子減少。如果沒有軟水器或軟水器失效，鈣、鎂鹽在反滲透膜表面因濃度急劇升高而形成難溶于水的沉淀物，堵塞反滲透膜孔，使反滲透膜的使用壽命縮短，增加設備的維護成本。